W średniowieczu sytuacja kotów gwałtownie się zmieniła. Przestano oddawać im cześć boską, a wręcz – jako atrybuty bóstw pogańskich – zaczęto je tępić. Dla Kościoła chrześcijańskiego były one odzwierciedleniem szatana, a nawet jego ziemskim wcieleniem. Czarownice – jak głoszono z kościelnych ambon – przemieniały się często w czarne koty, by pod osłoną nocy popełniać złe czyny i spotykać się z diabłem. W roku 1484 papież Innocenty VIII nazwał koty „pogańskimi zwierzętami, które pozostają w związku z diabłem” i zapoczątkował tym samym trwający stulecia okres prześladowań tych zwierząt.
Obwiniano koty o wszelkie zło i nieszczęścia i prześladowano je, kiedy tylko się dało. Podczas świąt zrzucano je z wież kościelnych, palono na stosach, biczowano na śmierć lub topiono we wrzącej wodzie – męczarnie, dręczenie i zabijanie „na chwałę Bożą”! Jeśli w nocy ktoś spotkał wałęsającego się kota, natychmiast próbował go zabić i to w możliwie najokrutniejszy sposób. Do dziś pokutuje przesąd, iż czarny kot, który przebiegnie nam drogę, przynosi pecha. W dziecięcych baśniach zaś jest on wciąż nieodłącznym towarzyszem każdej wiedźmy -tak więc mroczny zabobon nadal żyje! Wielekroć zamurowywano nieżywe koty w ścianach budynków – miały odstraszać demony. Zabijano je też, by pozyskiwać z nich leki przeciw wszelakim dolegliwościom: wierzono, że wysuszona wątroba kota leczy kamienie pęcherzowe, papka z kociej krwi i zwęglonej mąki jęczmiennej pomaga na świąd, a zakopany pod progiem koci ogon strzeże domowników przed wszelkimi chorobami.
Jedynymi Europejczykami, którzy zawsze darzyli koty szacunkiem, byli marynarze. Wierzyli, że przynoszą im szczęście i dobrą pogodę – a do tego chronią ładunek przed szkodnikami. Kot do dziś występuje w żargonie marynarskim: „kotek” to puszysta opaska chroniąca liny przed przecieraniem, kary zaś wymierzano „kotem o dziewięciu ogonach”, czyli biczem zrobionym z dziewięciu rzemieni.
Na pokładach żaglowców koty rozprzestrzeniły się po całej ziemi – niestety, miało to również złe następstwa: na wielu wyspach koty wyniszczyły prawie całkowicie rodzime gatunki zwierząt, nie znających wcześniej tych drapieżników.
